В 2000 году на Землю снизошел "сияющий гигант", расправив крылья света он растопил льды Антарктиды, и ее воды частично затопили контитненты. Экология планеты была нарушена, погибло множество людей, но постепенно человечество сумело приспсособиться. В последствии эта катастрофа получила название "Второго пришествия", пришествия Господа на Землю. Но лишь избранные знали, что это был Ангел Красной Почвы, посланник Господа.
В последствии избранные, земляне основали организацию НЕРВ, дабы противостоять грядущим наступлениям Ангелов. Штабом НЕРВа стал Геофронт созданный в огромной каверне, чье происхождение является загадкой для простых смертных. Для противостояния Ангелам были созданы орудия - Евангелионы. Это гигантские гуманоидные машины, которыми пилот управляет с помощью синхронизации нервных цепочек. Но для управления Евангелионом годится не каждый, а лишь дети родившие в год "Второго Пришествия". Поиском этих особых детей занимается загадочный институт Мардук.
Геофронт является не только военной базой, но и полноценным городом Токио-3. Официально он был создан для замены старой столицы Токио-2. Токио-3 и Геофронт обслуживаются и управляются суперкомпьютером Маги, включающим в себя три аспекта ученого, что его разработал. Это три проявления личности Наоко Акаги: как ученого, как матери и как женщины.